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Text File  |  1995-03-04  |  2.2 KB  |  47 lines
  1. ************************************
  2. * Clathrin light chains signatures *
  3. ************************************
  4.  
  5. Clathrin [1,2] is the major coat-forming  protein  that encloses vesicles such
  6. as coated pits and forms cell  surface  patches  involved  in membrane traffic
  7. within eukaryotic cells.  The clathrin coats (called triskelions) are composed
  8. of three heavy chains (180 Kd) and three light chains (23 to 27 Kd).
  9.  
  10. The clathrin light chains [3], which  may help to properly orient the assembly
  11. and disassembly of the clathrin coats, bind non-covalently to the heavy chain,
  12. they also bind calcium and interact with the hsc70 uncoating ATPase.
  13.  
  14.  - In higher eukaryotes two genes code  for distinct but related light chains:
  15.    LC(a) and LC(b).  Each  of  the  two  genes  can  yield, by tissue-specific
  16.    alternative splicing, two separate forms which differ by the insertion of a
  17.    sequence of respectively  thirty or eighteen residues.  There is, in the N-
  18.    terminal part of the clathrin light chains  a  domain  of  twenty one amino
  19.    acid residues which is perfectly conserved in LC(a) and LC(b).
  20.  - In yeast there is a single light chain (gene CLC1)  whose  sequence is only
  21.    distantly related to that of higher eukaryotes.
  22.  
  23. We developed two signature  patterns  for  clathrin  light  chains.  The first
  24. pattern is a  heptapeptide from the center of the  conserved N-terminal region
  25. of eukaryotic light chains;  the  second  pattern is derived from a positively
  26. charged region located in the C-terminal extremity of all known clathrin light
  27. chains.
  28.  
  29. -Consensus pattern: F-L-A-Q-Q-E-S
  30. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL   higher
  31.  eukaryotes light chains.
  32. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  33.  
  34. -Consensus pattern: [KR]-D-x-S-[KR]-[LIVM]-[KR]-x-[LIVM](3)-x-L-K
  35. -Sequences known to belong to this class detected by the pattern: ALL.
  36. -Other sequence(s) detected in SWISS-PROT: NONE.
  37.  
  38. -Last update: December 1991 / Patterns and text revised.
  39.  
  40. [ 1] Keen J.H.
  41.      Annu. Rev. Biochem. 59:415-438(1990).
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  46.      Trends Biochem. Sci. 16:208-213(1991).
  47.